邊境牧羊犬通常被認為是黑白相間的狗，但真相并非如此。邊境牧羊犬的毛色可以有多種顏色，有些是蘭色斑點，有些有三種顏色。黑白相間的毛色是最具代表性的，但一條黑白相間毛色的邊境牧羊犬可能攜帶隱性的各種顏色的基因。 記住這一點是很重要的，當有些顏色是不平常甚至是稀缺的時候，飼養員“設定”狗的毛色并不是一種娛樂。性格，健康狀況，品種特征都是飼養員應該注意的特征。有時候會有不同的顏色偶然出現，或者經由飼養員計劃出現。

　　邊境牧羊犬的毛色是如何遺傳的?

　　動物(犬科動物或其它動物)從它們的父母處遺傳大量特征。這些遺傳由基因控制。 后代從它們的父母中同等地獲得遺傳基因。每條狗的每個由基因控制的屬性特征攜帶兩個基因，一個來自于父親，一個來自于母親。同理，父親和母親也同樣在它們的每個屬性特征中攜帶來自祖父母的兩個遺傳基因。雖然狗的每個屬性特征含有兩個基因，但僅有一個遺傳自父親，也僅有一個遺傳自母親，這就是為什么我們能獲得多樣性的原因。

　　每個基因有一個顯性因子和一個隱性因子。舉例而言，一條狗從它的父親處遺傳純黑毛色的基因，從它的母親處遺傳純紅色的基因。因為純黑色基因是顯性的，純紅色的基因是隱性的， 純黑色基因會遮蓋住純紅色基因，因而狗會是純黑的毛色。但這條狗繁衍后代時，每只小狗將只獲得其中一個基因--- 有些可能遺傳純黑色的基因，有些可能遺傳隱性的純紅色的基因。 基因控制各種品性特征，比如毛色，耳朵姿態，毛的長度，眼睛的顏色，等等。四個小狗可能會互相很不相同，有的可能有尖耳朵，有的是短耳朵，有的是長毛，有的是平滑的毛發。最具吸引人的則是邊境牧羊犬的毛色。有的幼崽可能是黑白相間的，有的可能是紅灰和黑斑點的，有的可能是藍色和淺黃色的。 毛色并非由一個基因決定，而是由幾個基因決定，每個基因有一個顯性因子和一個隱性因子。 下面的表格顯示了決定邊境牧羊犬毛色的四種基因，并且定義了每個基因的顯性和隱性因子。 基因 顯性 隱性

　　基因1 純黑 純紅 基因2 非淺黃 淺黃 基因3 不變淺 變淺 基因4 藍灰或紅灰帶黑斑點 非‘藍灰或紅灰帶黑斑點’。因此，決定純色的基因有一個黑色的顯性因子和一個紅色的隱性因子。決定是不是有斑點的基因有一個顯示斑點的顯性基因和一個不顯示斑點的隱性基因。

　　舉例說明純色基因的遺傳，比如一條攜帶兩個黑色基因的純毛公狗與一條攜帶黑色和紅色兩個基因的母狗交配的情況。公狗和母狗均顯示黑白毛色，因為母狗的紅色隱性基因被她的顯性黑色基因掩蓋了。四個后代都遺傳了兩個純色的基因，一個來自父親一個來自母親，但是來自父親或母親的哪一個基因則是自由選擇的。基因遺傳的比例顯示如下。每條小狗都從父親那遺傳黑色基因，因為它們的父親只有黑色基因。它們從母親那遺傳要么黑色基因要么紅色基因，都是百分之五十的機率。所有的后代都顯示黑白毛色，因為黑色顯性基因掩蓋了紅色的隱性基因。不可能分辨出哪個后代攜帶了紅色隱性基因，因此都象它們的父母一樣顯示的是黑白毛色。

　　如果一條狗攜帶兩個黑色基因與另一條攜帶兩個紅色基因的狗交配，它們的后代也將顯示黑白色，因為它們都從父親那遺傳了黑色基因(父親只有兩個黑色基因可以提供)。然后，所有的后代都將攜帶一個隱性基因(紅色基因)遺傳自母親(母親只有紅色基因可以提供)。從表面上看不出這些后代是否攜帶紅色基因，但如果知道它們的母親是紅色的，則他們一定攜帶一個隱性紅色基因。

　　如果一條狗攜帶了一個黑色和一個紅色的基因，與另一條同樣攜帶一個黑色和一個紅色基因的狗交配。后代的毛色顯示的比例如下圖。一條狗將顯示紅色，因為它攜帶兩個紅色隱性基因，一個來自它的父親，一個來自它的母親。其它的后代將顯示黑白顏色，盡管會有兩條狗各自攜帶一個紅色隱性基因。其中一條狗將攜帶兩個黑色基因顯示黑白色，與另外攜帶一個黑色基因和一個紅色基因的狗顯示一樣的毛色。

　　如果一條狗攜帶一個黑色基因和一個紅色基因與另一條攜帶兩個紅色基因的狗交配，后代毛色的顯示機率如圖。所有的后代將攜帶隱性的紅色基因(它們的母親只能遺傳這個給它們)。兩個后代將顯示紅色，因為它們攜帶兩個紅色隱性基因，另外兩個將顯示黑白色盡管它們攜帶一個隱藏的隱性紅色基因。

　　如果一條狗攜帶兩個顯性的黑色基因與同樣攜帶兩個顯性的黑色基因的狗交配，那么所有的后代將顯示黑白色。因為父母只能提供顯性的黑色基因給后代，沒有隱性的紅色基因。然后，沒有可能分辨一條黑白色的狗是否攜帶隱性的紅色基因，因為顯性基因的掩蓋特性總是把隱性的紅色基因藏起來了。

　　如果一條狗攜帶兩個隱性紅色基因與一條同樣的攜帶兩個隱性紅色基因的狗交配，所有的后代將顯示紅色。因為父母只能提供隱性紅色基因給后代。沒有顯性黑色基因遮蓋隱性紅色基因。

　　雖然以上的例子只顯示純色的毛色是如何遺傳的，但其它毛色的遺傳也是相同的方式，這四個基因是決定我們看到邊境牧羊犬毛色的主要因素。 邊境牧羊犬的顏色 下面的表格顯示個體如何從父母身上遺傳這四個基因，并影響博德牧羊犬的毛色的。